Um einen vollständigen fsck durchführen zu lassen, muss man den Hintergrund-fsck abschalten.
Weil der Hintergrund-fsck Dateisysteme nur unzureichend überprüfen kann, denn die Dateisysteme sind ja dann gemountet bzw. im Zugriff.
Das kann man durch diese beiden Einträge in der /etc/rc.conf erreichen:
... fsck_y_enable="YES" # Set to YES to do fsck -y if the initial preen fails. background_fsck="NO" # Attempt to run fsck in the background where possible. ...